Η απόφαση ορισμένων ΜΚΟ να ενθαρρύνουν Σουδανούς μετανάστες που κρατούνται στην Αμυγδαλέζα να προσφύγουν δικαστικά κατά της Πολιτείας επειδή δεν τους χορηγήθηκε άσυλο λειτούργησε ως καταλύτης για αλλαγές στη στάση του Υπουργείου Μετανάστευσης και Ασύλου. Η κυβέρνηση, μετά και την ανάκληση εξέτασης αιτημάτων ασύλου λόγω της αύξησης των ροών από τη Λιβύη, προχωρά σε αυστηροποίηση του πλαισίου συνεργασίας με τις ΜΚΟ.
Σύμφωνα με πληροφορίες, από τον Σεπτέμβριο ο υπουργός Θάνος Πλεύρης θα συστήσει ειδική ομάδα εργασίας για τον επανακαθορισμό του ρόλου και της δράσης των οργανώσεων, καθώς και για την επανεξέταση των όρων παραμονής τους στο Μητρώο που είχε συγκροτηθεί το 2020 επί υπουργίας Νότη Μηταράκη. Στο επίκεντρο θα βρεθεί το κατά πόσο οι ΜΚΟ τηρούν τους κανόνες και αν ενεργούν σε πλήρη συμβατότητα με τη μεταναστευτική πολιτική της κυβέρνησης.
Μελετάται σοβαρά η διαγραφή από το Μητρώο όσων οργανώσεων αποδεικνύεται ότι υιοθετούν δημόσιες θέσεις αντίθετες με την κυβερνητική στρατηγική για επιστροφές ή προχωρούν σε δικαστικές ενέργειες κατά αποφάσεων σχετικών με κρατήσεις και αναστολές ασύλου. Ταυτόχρονα, προγραμματίζονται εντατικοί διαχειριστικοί έλεγχοι στην οικονομική τους δραστηριότητα, ώστε να διαπιστωθεί αν τα κονδύλια που λαμβάνουν κατευθύνονται πράγματι στον σκοπό για τον οποίο δίνονται.
Ήδη έχουν ζητηθεί έλεγχοι για τις ΜΚΟ που συνδέθηκαν με την υπόθεση των Σουδανών μεταναστών, ενώ το υπουργείο τονίζει ότι η συνεργασία με οργανώσεις θα συνεχιστεί μόνο εφόσον αυτές δεν παρεμποδίζουν την εφαρμογή των αποφάσεων της Πολιτείας.
Σε πρόσφατη συνέντευξή του, ο Θάνος Πλεύρης επεσήμανε ότι οι δικαστικές αποφάσεις είναι σεβαστές, αλλά η χάραξη της μεταναστευτικής πολιτικής αποτελεί αποκλειστική αρμοδιότητα της κυβέρνησης. Όπως τόνισε χαρακτηριστικά, «δεν μπορείς να είσαι στο Μητρώο και ταυτόχρονα να στρέφεσαι ενάντια στο Υπουργείο».