Η συζήτηση γύρω από την Εξεταστική Επιτροπή για τον ΟΠΕΚΕΠΕ εξελίσσεται σε μείζον πολιτικό ζήτημα, με κυβέρνηση και αντιπολίτευση να συγκρούονται σφοδρά για τη λίστα μαρτύρων. Η αντιπολίτευση κατηγορεί τη Νέα Δημοκρατία για μεθόδευση συγκάλυψης, καθώς απέκλεισε βασικά πρόσωπα που φέρονται να συνδέονται άμεσα με το σκάνδαλο, ενώ επέλεξε μάρτυρες που δεν βρίσκονται πλέον στη ζωή. Η εισηγήτρια του ΠΑΣΟΚ, Μιλένα Αποστολάκη, έκανε λόγο για «γαλάζια καινοτομία», καταγγέλλοντας ότι στη λίστα της συμπολίτευσης περιλαμβάνονται ακόμη και μακαρίτες, όπως οι πρώην επικεφαλής του ΟΠΕΚΕΠΕ Ευάγγελος Σεφεριάδης και Αναστάσιος Λέκκας, ενώ απουσιάζουν κομβικά πρόσωπα, όπως ο υφυπουργός παρά τω Πρωθυπουργώ Γιώργος Μυλωνάκης, οι αποκαλούμενοι «Φραπές» και «Χασάπης», καθώς και στελέχη που είχαν εμπλακεί σε συνομιλίες με αναφορές στον οργανισμό.
Ο εισηγητής της ΝΔ, Μακάριος Λαζαρίδης, υπερασπίστηκε την επιλογή, υποστηρίζοντας ότι η Επιτροπή δεν είναι Προανακριτική, αλλά Εξεταστική, και πως τα πρόσωπα που πρότεινε η αντιπολίτευση «δεν άσκησαν διοίκηση στον ΟΠΕΚΕΠΕ». Παράλληλα, τόνισε ότι στόχος είναι η αναζήτηση της αλήθειας με «υπευθυνότητα και σοβαρότητα» και όχι η ποινικοποίηση της πολιτικής ζωής. Η ΝΔ επικαλέστηκε και non paper, σύμφωνα με το οποίο «στο 70% των προτάσεων υπάρχει συμφωνία με την αντιπολίτευση», υποστηρίζοντας ότι η κριτική αποτελεί επικοινωνιακό παιχνίδι.
Από την άλλη πλευρά, ΣΥΡΙΖΑ, ΠΑΣΟΚ, ΚΚΕ και Πλεύση Ελευθερίας καταγγέλλουν ότι επιχειρείται συνειδητή συγκάλυψη, με σκοπό την προστασία του Πρωθυπουργού και κορυφαίων στελεχών. Ο εισηγητής του ΣΥΡΙΖΑ, Βασίλης Κόκκαλης, τόνισε ότι ο Γιώργος Μυλωνάκης «είναι μηνυόμενος λόγω της γνώσης του για τις παρακολουθήσεις» και έχει άμεση σχέση με το αντικείμενο της Επιτροπής, ενώ ο Σωκράτης Φάμελλος προειδοποίησε ότι ο Κυριάκος Μητσοτάκης «επιχειρεί να μετατρέψει την Εξεταστική σε πλυντήριο ευθυνών». Αντίστοιχα, ο Αλέξης Χαρίτσης κατηγόρησε την κυβέρνηση ότι «προσπαθεί ξανά να συγκαλύψει σε κοινοβουλευτικό επίπεδο», ενώ ο Νίκος Ανδρουλάκης δήλωσε πως ο Πρωθυπουργός «σκηνοθέτησε διαδικασίες στη Βουλή» ώστε να αποφευχθούν ψηφοφορίες που θα άφηναν εκτεθειμένα στελέχη όπως οι Μάκης Βορίδης και Λευτέρης Αυγενάκης.
Ο κατάλογος μαρτύρων που πρότεινε η αντιπολίτευση είναι εκτενής και περιλαμβάνει τον ίδιο τον Πρωθυπουργό, πρώην και νυν υπουργούς (όπως οι Πιερρακάκης, Γεραπετρίτης, Σκέρτσος, Βορίδης, Αυγενάκης), τον υφυπουργό Μυλωνάκη, βουλευτές και υπηρεσιακά στελέχη του ΟΠΕΚΕΠΕ, καθώς και εκπροσώπους αγροτικών συνεταιρισμών. Η λίστα εκτείνεται σε δεκάδες ονόματα, από πολιτικά πρόσωπα έως τεχνοκράτες και εκπροσώπους εταιρειών που συνεργάζονται με τον οργανισμό. Κεντρικό ζητούμενο για την αντιπολίτευση είναι η διερεύνηση της εμπλοκής της κυβέρνησης και η πιθανή γνώση του Πρωθυπουργού για τα όσα συνέβαιναν στον ΟΠΕΚΕΠΕ, με αναφορές και σε καταγγελίες που είχαν κατατεθεί στην Ευρωπαία Εισαγγελέα.
Το σκάνδαλο του ΟΠΕΚΕΠΕ έχει αποκτήσει έντονη πολιτική διάσταση, με την αντιπολίτευση να μιλά για «γαλάζιο σκάνδαλο» και να συνδέει άμεσα την υπόθεση με τον Κυριάκο Μητσοτάκη. Η κυβερνητική πλευρά επιχειρεί να παρουσιάσει την εικόνα μιας διαδικασίας θεσμικής και σοβαρής, με σκοπό να εξεταστούν «οι παθογένειες του οργανισμού σε βάθος χρόνου». Ωστόσο, οι καταγγελίες για αποκλεισμό κρίσιμων μαρτύρων και η επιλογή ατόμων που δεν βρίσκονται εν ζωή τροφοδοτούν τη δυσπιστία για τις πραγματικές προθέσεις της πλειοψηφίας. Το αποτέλεσμα είναι η Εξεταστική να μετατρέπεται σε νέο πεδίο οξείας πολιτικής αντιπαράθεσης, με τις εξελίξεις να καθορίζουν το πώς θα αποδοθούν ή θα συγκαλυφθούν ευθύνες σε ένα σκάνδαλο που έχει ήδη πλήξει την αξιοπιστία του κράτους στη διαχείριση ευρωπαϊκών κονδυλίων.